发源于瑞士的莱茵河是世界上最繁忙的水路之一。巴塞尔内河港是瑞士的重要进出口枢纽，通过该航道向德、法等其他欧洲国家运输货物。
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瑞士有14个民用机场，包括3个国际机场和11个地方机场。三大国际机场为苏黎世机场、日内瓦机场和巴塞尔机场（位于法国境内）。苏黎世机场是欧洲最重要的枢纽之一，日内瓦国际机场和巴塞尔欧洲机场也有大量连接欧洲主要商业中心与旅游目的地的航班，以及许多飞往国外目的地的直航航线。日内瓦机场和巴塞尔机场均位于边境地区，距离邻近国家仅一步之遥，这为邻近国家通过瑞士与欧盟其他国家开展国际贸易提供了极大便利。
2019年，瑞士共有139万架次起、降航班。受疫情影响，2020年空运渠道运送旅客人次下降72%，仅为1650万人次；运送货物量下降40%，仅为万吨，其中邮包万吨。
2005年3月，瑞士航空被德国汉莎航空收购，改称瑞士国际航空。客运方面，目前拥有飞往45个国家的一百余条航线，有飞机91架。同时拥有连接80多个国家的130多条货运航线。受新冠疫情影响，瑞航在2021年4月发布的季报中宣布，将缩减其航队15%的飞机。
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