在西班牙人到来之前，印加帝国正处于内战之中。继承人尼南·库奇 (Ninan Cuchi )和皇帝华纳·卡帕克( Huayna Capac)都死于一种蔓延到厄瓜多尔的欧洲疾病，造成了两个派系之间的权力真空。北方派为首阿塔瓦尔帕声称皇帝华纳·卡帕克在他死前就如何划分帝国给出了口头法令。他将今厄瓜多尔和秘鲁北部的领土交给了他最宠爱的儿子阿塔瓦尔帕，后者将在基多进行统治。他把剩下的给了瓦斯卡，从库斯科统治。他立下遗嘱，将自己的心脏安葬在他最喜欢的城市基多，而将身体的其余部分安葬在库斯科的祖先身边。
瓦斯卡不承认他父亲的遗嘱，因为它没有遵循印加人通过祭司命名印加人的传统。瓦斯卡命令阿塔瓦尔帕参加他们在库斯科举行的父亲葬礼，并向他作为新的印加皇帝表示敬意。阿塔瓦尔帕和他父亲的将军们决定无视瓦斯卡，内战随之而来。发生了许多血腥的战斗，直到最终俘虏了瓦斯卡 。阿塔瓦尔帕向南进军库斯科，屠杀了与其兄弟有关联的王室。
1532年，一小队以弗朗西斯科·皮萨罗为首的西班牙人在通贝斯登陆，并翻越安第斯山脉，直到他们到达卡哈马卡，新的印加皇帝阿塔瓦尔帕将在那里与他们会面。牧师巴尔韦德试图说服阿塔瓦尔帕加入天主教会并宣布自己是西班牙的附庸。这激怒了阿塔瓦尔帕，他把圣经扔在地上。此时，愤怒的西班牙人奉巴尔韦德的命令，袭击并屠杀了印加帝国手无寸铁的护卫队，并俘虏了印加皇帝阿塔瓦尔帕。皮萨罗答应如果阿塔瓦尔帕兑现了用金子装满房间的承诺，就释放他。但是，在模拟审判之后，西班牙人通过绞刑处决了印加皇帝阿塔瓦尔帕。
西班牙统治
新的传染病，如欧洲流行的天花，在西班牙统治的头几十年导致美洲印第安人死亡，因为他们没有免疫力。与此同时，当地人被迫进入西班牙人的雇佣劳动制度。 在1563年，基多成为西班牙真正的 audiencia（行政区）所在地，并成为秘鲁总督辖区的一部分，后来成为新格拉纳达总督辖区。
亚历山大·冯·洪堡 (Alexander von Humboldt) 在 1801 年至 1802 年访问该地区时研究了1797年里奥班巴地震，该地震造成多达40000人伤亡。
在西班牙统治近300年之后，基多仍然是一个只有10000 名居民的小城市。1809年8 月10日，该市的克里奥洛人呼吁从西班牙独立（这是拉丁美洲人民中的第一个）。他们由Juan Pío Montúfar 、Quiroga、Salinas和Bishop Cuero领导凯塞多。基多的绰号是“ Luz de América ” （“美洲之光”），是因为它在争取建立一个独立的地方政府方面发挥了主导作用。新政府虽然执政不到两个月，却产生了重要的反响，对独立运动起到了鼓舞作用西班牙美洲的其他地区。8 月10 日现在被定为独立日，国定假日。
独立
“瓜亚基尔会议”是两个主要的西班牙裔南美独立领导人之间的会议。其中讨论了新生国家的政府形式，圣马丁选择了君主制形式的统一南美洲，而玻利瓦尔选择了同样的形式但进入共和国。
1820年10月9日，瓜亚基尔省成为厄瓜多尔第一个脱离西班牙独立的领土，并催生了厄瓜多尔大部分沿海省份，建立了独立国家。它的居民庆祝现在厄瓜多尔的官方独立日1822 年5月24 日。安东尼奥若泽德苏克雷在基多附近的皮钦查战役中击败西班牙保皇党军队后，厄瓜多尔其他地区获得独立。战斗结束后，厄瓜多尔加入了西蒙·玻利瓦尔的大哥伦比亚共和国，该共和国还包括现代的哥伦比亚、委内瑞拉和巴拿马。1830年，厄瓜多尔脱离大哥伦比亚，成为一个独立的共和国。
19世纪的特点是厄瓜多尔不稳定，统治者迅速更替。厄瓜多尔的第一任总统是出生于委内瑞拉的胡安·何塞·弗洛雷斯，他最终被罢免，随后几位独裁领导人如维森特·罗卡富尔特；何塞·华金·德·奥尔梅多；何塞·玛丽亚·乌尔维纳；迭戈·诺波亚；佩德罗若泽德阿尔特塔；曼努埃尔·德·阿斯卡苏比；和弗洛雷斯自己的儿子安东尼奥·弗洛雷斯·吉洪 ( Antonio Flores Jijón)等。保守派加布里埃尔·加西亚·莫雷诺( Gabriel Garcia Moreno)在罗马天主教会的支持下于1860年代统一了该国。在19世纪后期，世界对可可的需求与经济挂钩商品出口，并导致从高地向沿海农业前沿地区迁移。
厄瓜多尔于1851 年废除了奴隶制并释放了黑人奴隶。
自由革命
1895 年埃洛伊·阿尔法罗 (Eloy Alfaro)领导下的自由革命削弱了神职人员和保守的土地所有者的权力。这个自由派一直掌权，直到1925 年的军事“朱利安革命” 。1930 年代和40年代的特点是不稳定和民粹主义政治家的出现，例如五次总统何塞·玛丽亚·贝拉斯科·伊瓦拉。