乌干达主要依靠公路与周边国家相连，公路可分为三大走廊，即北部走 廊 ， 包 括 Kampala-Nairobi-Mombasa ； Malaba-Kampala-Juba ，Kampala-Kigali，Kampala-eastern DRC；中部走廊，包括Masaka-Kyotera-Dares Salaam；东北部走廊，包括Tororo-Mbale-Soroti-Kamudini-Juba。这些道路基本为双向两车道的国道。公路承担乌干达95%的客运和%的货运。为加大对公路的管理，2008年7月乌干达成立国家公路管理局（UNRA），专门负责公路管理和维护。同年，乌干达建立乌干达道路基金（UFA），支持道路维护。道路基金的主要来源是从各油气公司收取的燃油附加税。
水运
乌干达的国土面积中，大约18%为湖泊、河流或沼泽组成。水上运输系统仍依靠小型摩托化和非摩托化船只运输货物和乘客。主要的湖泊和河流系统包括维多利亚湖、乔加湖、阿尔伯特湖和乔治湖，以及卡格拉河、维多利亚尼罗河和阿尔伯特尼罗河。乌干达水上交通设施主要包括：维多利亚湖上的轮渡服务;短距离公路车辆轮渡作为“公路桥梁”；个人独木舟的非正式部门业务。据乌方统计，乌干达水上客运能力为每年600万～800万人次。2018年，乌干达轮渡客运量为430万人次，同比增长7%。乌干达与肯尼亚Kisumu港、坦桑尼亚Mwanza南港之间的货运能力为每班次1000吨。
铁路
乌干达是内陆国，货物运输主要依靠公路及铁路。目前，铁路总里程约1266公里，为1米宽的窄轨铁路。主要铁路干线包括从乌肯边境城市Malaba出发，经Jijia至首都坎帕拉的主线；从东部城市Tororo出发，经Mbale、Soroti、Lira、Gulu至Pakwach的北线；从首都坎帕拉出发，经Mityana至Kasee的西线等。铁路基础设施及沿线60米宽的土地归国有独资企业乌干达铁路公司所有。
为提高乌干达铁路运营管理能力，乌干达政府通过私有化，授权Rift Valley Railway公司25年的铁路货运特许经营权（至2032年），但由于表现不佳而于2017年终止。近10年来，铁路运输的市场份额从12%下降到%。目前只有约315公里正在承担运营任务，余下的铁路网大部分因年久失修而关闭。2019/2020财年，铁路运营量飙升，乘客数量达到万人次，货运量从上一财年的万吨提高到万吨，同比上升%。
空运
乌干达的空运基础设施相对落后，机场数量少，而且使用效率低。截至2016年末，乌干达共有47家机场，其中14家机场由乌干达民航局负责运营。恩德培国际机场为主要的大型国际机场，也是乌干达唯一的口岸机场，距首都坎帕拉约45公里。
乌干达境内目前拥有13个区域性机场，并指定其中五个机场为出入境点，以促进贸易和旅游。2019/2020财年，恩德培国际机场的客运量为135万人次。乌干达民航局预计，到2033年，乌干达航空业运送旅客人数将升至750万人次，货运量将升至万吨。
乌干达航空有限公司成立于2019年1月30日，总部位于恩德培。截至2020年1月，公司已在东非地区的9个城市开展运营（布琼布拉、蒙巴萨、内罗毕、摩加迪沙、朱巴、达累斯萨拉姆、乞力马扎罗山、桑给巴尔和恩德培）。