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惠州一战，邓铿声名鹊起。广东全省光复后，升任广东陆军第一混成协协统，广东都督府陆军司长兼稽查局长，后改任都督府参谋长。
一九一三年邓铿任琼崖镇守使。二次革命时起兵反袁，与龙济光激战于三水，失败后逃亡日本。
在日本，他追随孙中山在日本加入中华革命党，任军务部副部长。从此之后，邓铿一直是孙中山的得力助手。
在讨袁（世凯）驱龙（济光）、护法援闽等战事中打了无数硬仗。在当时，邓铿与朱执信、廖仲恺被同视为孙中山的股肱心膂。朱、廖二人是政治活动家，邓铿则是掌握军权的重量级人物，孙中山在军事上很多时候要依赖邓铿。
邓铿待人仁厚，律己廉洁，治家节俭，常常以减衣缩食来勉励家人。在福建征战期间，他对自己的要求尤为严格，“月受俸仅百二十金，即平日轻慢公者，亦为赞叹而敬服”。
他经常对下属和朋友说：“近来人心常以做官为黩货途径，及其已得，则消耗与嗜。即稍稍储积，其结果不过增加自身罪恶，而陷后人于有恃无恐，不克振拔之地而已。”
闻者皆服为名论。难怪胡汉民称邓仲元为“武人之中，高节远瞩，惟公为能”。
邓铿治军严谨，廉政不阿，嫉恶如仇。他对军中不肖分子包庇烟赌的行径，毫不徇情，并多次派出宪兵，专门缉拿偷运烟土的官兵。
有一次，他在广州晏公街缉获烟土两百多担，查明是陈炯明的部署洪兆麟、陈炯光、陈觉民等人伙同所为。虽与陈炯明是生死患难之交，但并没有睁一只眼闭一只眼，召集广州各界代表和各国驻广州领事，共同监督将烟土焚于东郊。