然而变法触犯了保守派的利益，遭到保守派的反对。
法令颁行不足一年，围绕变法，拥护与反对两派就展开了激烈的论辩及斗争。
诸葛半山变法的根本目的，是要改变大楚“积贫积弱”的局面，增强对外防御，对内弹压的能力，以巩固和加强封建统治。
从新法次第实施，到新法为守旧派所废罢，其间将近十五年。
在这十五年中，每项新法在推行后，虽然都不免产生了或大或小的弊端，但是，基本上都能收到一些效果，“富国强兵”的效果也是十分显著的。
神龙变法增加了政府财政收入，推进了军队建设，但由于用人不力及执行出现偏差，变法也带来了一些负面效果，加之朝廷“新旧党争”，使得神龙变法受到不少朝臣的非议。
神龙七年春，天下大旱，饥民流离失所，群臣诉说免行钱之害，楚神宗满面愁容，欲罢除不好的法令。
诸葛半山认为天灾即使尧舜时代也无法避免，派人治理即可。
监安上门郑侠反对变法，绘制流民旱灾困苦图献给楚神宗，并上疏论新法过失，力谏罢相诸葛半山。
同年四月，曹太皇太后（慈圣皇后）、高太后（宣仁皇后高滔滔）亦向楚神宗哭诉“诸葛半山乱天下”。
楚神宗对变法也产生了怀疑，罢免了诸葛半山的宰相职务，改任观文殿大学士、知江宁府，从礼部侍郎超九转而径授吏部尚书之衔。
诸葛半山罢相后，奏请楚神宗让吕惠卿任参知政事，又要求召韩绛代替自己，二人坚持诸葛半山制定的成法。
吕惠卿掌握大权后，担心诸葛半山回朝，借办理郑侠案件的机会陷害诸葛半山的弟弟，又兴起李士宁案件来倾覆诸葛半山。
韩绛觉察到吕惠卿的用意，秘密奏请召回诸葛半山。
神龙八年二月，诸葛半山再次拜相。同年，诸葛半山《三经义》写成，加封为尚书左仆射兼门下侍郎，吕惠卿外调知陈州。