日本人在港区外围构筑了大量要塞、壁垒和壕沟组成的防御体系，文鸢则选择重炮密集轰击，步兵推进的办法，付出上千人牺牲的代价才占有了五百多米宽度的一片防御阵地。
日军则动反攻争夺，双方多次爆白刃战。
每天都有死人，血流成河。
海军履行了承诺，战斗期间，不惜以敌人炮台多次对轰，成功封锁了长崎港，没有让日本的一兵一卒增援这里。
终于在第十五天，打退了日本多次进攻之后，文鸢的前锋部队推进到了日军炮台，用炸药炸掉了炮台，阻挡海军的屏障彻底消失了。6军则攻入了长崎市区，除了外国人居住区，在整个长崎港区的角角落落都爆了激战。
两个月之后，明军成功占领长崎，战损达到一万人，日军几乎全军覆没。长崎港区变成了一片焦土，八成的建筑被毁，日本大力营建的这个港口，毁于一旦，物质损失无法估量。
而明军终于打开了一个进入日本的门户，大量援军不断的派往长崎港，利用紧急修复后的港口设施不断的增强兵力、物资补给，准备一场更大规模的战争。
日本人意识到了，他们之前打的所有战争，都已经不够看了，新的现代战争将比以往所有的战争更加惨烈，破坏力更大。此时日本君臣突然感觉到，他们根本就没有做好一场现代战争的准备，兵力上完全不占优势不说，武器装备也跟不上消耗，国内建设的那几家小兵工厂连十万人的供应都无法维持，怎么跟大明持续战争呢？
英国更积极的进行调停，还跟美国、法国一起达成了一致，联合调停明日两国的战争。