当时殖民者们只能心惊肉跳地等待，马尼拉笼罩在绝望和萧条气氛中。
那时的西班牙驻菲律宾总督阿库尼亚一面做些表面工作，如部分还明侨商人的财产，动幸存者给国内写信，企图证明西班牙殖民者“清白”；一面派特使奎瓦携带致广东、福建两省巡抚和其他官员的函件。
他于16o3年12月1o日乘船前往澳门，并趁机刺探大明政府有否进攻菲律宾打算的军事情报。考虑到澳门的葡萄牙人对大明比较了解，阿库尼亚还写了几封信，详述明侨起义事件，并附上致大明官员函件的副本，让奎瓦分给澳门的司令官、主教、在政务方面有着较大言权的耶稣会教士等。
但葡萄牙人出于打击贸易竞争对手的考虑，始终未将函件转交大明方面。葡萄牙人非常在乎每一次屏蔽大明的机会——只有他们才是大明的老朋友。
直到奎瓦等人抵达澳门的消息传到漳州，有经常往来漳州和马尼拉的大明富商到澳门与其会见，答应把函件转交大明官员，设法动员明侨继续贸易。
奎瓦当时在澳门了解到，明朝政府已获悉屠杀事件，但全国平静，没有集结舰只进攻马尼拉的迹象。获得这个重要情报后，奎瓦购买了一批军事物资，于5月回到马尼拉。
事实上，尽管明朝当局了解了事件真相，但它一贯把移民国外的明侨视为贱民，因此仅写了一份《谕吕宋檄》，于16o5年5月底、6月初由大明贸易船队中一名船主带到马尼拉，分交菲律宾总督、马尼拉最高法院和马尼拉大主教。
檄文未对屠杀行为进一步严加追究，只要西班牙殖民当局保证明侨今后生命财产的安全，并宣布对殖民者“不忍加诛”，“其海外戕杀姑不穷治”，要求西班牙方面“当思皇帝浩荡之恩，大明仁义之大”。
这事情的处理，还真不能一味责备明朝。
明朝未出兵讨伐还有当时现实条件的限制。
在西班牙屠杀明人大致同一时期，大明王朝进行了三场大规模战争：在西北的宁夏，西南的播州，特别是从万历二十年（1592）开始的长达7年与日本在朝鲜进行的战争。
这三场大战明朝都取得胜利，但国家军事和财政能力损耗极大。
明朝的被迫纵容使得殖民者对菲律宾明侨的欺压更加有恃无恐，绝境中的明侨不堪其苦。
1639年，明侨们再次动起义，并坚持近4个月。
这一次，西班牙殖民者彻底杀红了眼，无数明侨平民包括虔诚的天主教徒死于屠杀。
这一次又让马尼拉市场上一片萧条，再加上外有荷兰东印度公司的有意打压，西班牙殖民者只能依靠着从美洲运送来白银苟延残喘……
汉唐集团事先做出了一个总的估算，他们认为美洲白银的产出在16世纪约为17ooo吨，17世纪的约为42ooo吨……当然，现在17世纪只是过了一半。
其中，美洲白银流入到明大6的主要方式和主要路径，就是船运，西班牙人用后世有名的马尼拉大帆船启运，通guo阿卡普尔科到达马尼拉，然后在与东方的直接贸易中流出。