刘毅与何无忌于十日后领水军万人追击桓玄，而桓玄在荆州还是有些根基的，竟然也纠集了近五万的水军反扑刘毅，他害怕的只是卫风与刘裕，对于刘毅还未放在眼里，两军于峥嵘洲（今湖北黄冈西北长江中的沙洲）相遇。
放眼望去，桓玄一方有近千条船，还有数条楼船，而北府军由于原来的水军已被打散，同时水军不像步卒那般说召集就能召集，最起码水手要一个个的找来，船只也要一艘艘调集，所以刘毅才需要花费十天的时间。
可纵是如此，也只收集到百来艘艨艟斗舰，人数只有万人，面对着对面那浩浩荡荡的舰队，刘毅的心里有些发怵，迟迟没法下达进攻的命令。
何无忌不禁冷冷笑道：“希乐，桓玄虚有其表，此人志大才疏，胆怯如鸡，乌合虽众，不足一扫，你看，他在大舰旁系有小舟，已便败时逃循，如此怯弱，三军谁肯用命？两军决战，胜负之间，尽在主将雄怯与否，汉光武破昆阳，魏武克官渡，皆是以寡制众，彼能行之，你我何不可？”
刘毅细细一看，果然如此，于是放下心来，大喝道：“今日便是我等大破桓玄之机，檑鼓！”
当时的水军战法主要有三种，一是战船冲撞，利用已方坚船冲击敌舟要害部位，如划过舷侧断其长楫，冲撞船尾破其舵室，或拦腰撞其斗楼，毁其弩窗、矛穴，使敌船丧失部分战力，二是当狭路相交，舟楫相逢时，须以楼船士跳帮接舷作战，三则为火攻，但火攻不可轻用，须与天时地利紧密结合起来。
而且水军的军纪极为严苛，甚至连骑兵都远远及不上，因为水战动辄舟楫数千，稍有不慎便会引发混乱，所以军士、船工、舵手须分工明确，各就其位，战船行进调度须有严格规定管理。
檑鼓一通，吏士皆严，檑鼓二通，伍什皆就船整持橹棹，军士各持兵器就船，各当其所，幢帆旗鼓各随将所载船，鼓三通鸣，大小战船以次发，左不得至右，右不得至左，前后不得易，违令者斩！
“咚咚咚~~”第一通鼓重重檑响，北府军将士均是面色沉凝，一股凛然煞气正在蕴酿当中，第二通鼓响，船面上的战士各就各位，把兵器牢牢握在了手里，第三通鼓响，猛然间，近百条船运桨如飞，向着上游直冲而去！
桓玄心头大骇，惊呼道：“想不到刘毅也是一员勇将啊，朕小瞧了他，朕不该轻身犯险，速退速退！”
卞范之立刻劝道：“陛龗下，退不得啊，一退全军必乱！”