领土纠纷
西班牙声称拥有主权的地区
西班牙政府要求英国交还西班牙南部一个面积极小的半岛直布罗陀。1704年，英国在西班牙王位继承战争中征服了直布罗陀。由于战争失利，西班牙遂于1713年签订的《乌得勒支和约》中将直布罗陀永远割让予英国。战后多年来，直布罗陀的人民一直希望继续接受英国统治，并在多次公投中以绝对多票支持英国的统治。联合国于方案（2231 （XXI）及2353（XXII）中要求英国及西班牙就直布罗陀问题达成协议以结束殖民状态。西班牙政府宣称联合国的解决方案凌驾于《乌德勒支条约》之上，因此作出了收回领土的要求。除统治权问题外，疆界划分亦令两国争议不断。联合国承认直布罗陀为非自治领土。
其他国家声称在西班牙拥有主权的地区
摩洛哥声称拥有非洲北部的休达、梅利利亚及无人居住地区戈梅拉岛（西属北非领地）、胡塞马群岛、舍法林群岛及佩雷希尔岛等岛屿。摩洛哥指上述地区是由西班牙于摩洛哥无法自我保护时夺去，在此之前摩洛哥未与西班牙签定任何条约割让该等土地。西班牙则称上述土地乃在伊斯兰教势力入侵，即公元711年前西班牙王国的一部分。西班牙亦指摩洛哥只为地理原因要求得到该批土地。埃及对西奈半岛的主权与土耳其对伊斯坦布尔的拥有权常被视为西班牙主张的支持论点。
葡萄牙从未认可西班牙对于奥利宾沙的主权，原因是1815年的维也纳会议规定西班牙需将该土地还予葡萄牙，西班牙则指维也纳会议决策的先决条件是要维持《巴达荷斯条约》的完整性。
自治区独立
2017年10月1日，西班牙加泰罗尼亚自治区举行“独立”公投，自治区议会同月27日单方面宣布该地区“独立”。西班牙中央政府认定“公投”违宪，并启动宪法第155条，于30日正式收回加泰罗尼亚自治权，全面接管这一地区，同时解散加区政府和议会，解除了普伊格德蒙特及一众参与煽动“独立”的前加区高官职务。