秘鲁总督华金·德拉·帕苏埃拉 ( Joaquín de la Pazuela )任命何塞·德拉塞尔纳 ( José de la Serna)为保皇派军队的总司令，以保护利马免受圣马丁入侵的威胁。1月29 日，德拉塞尔纳粉碎了一场针对德拉塞尔纳的政变，该政变得到了西班牙的承认，他被任命为秘鲁总督。这场内部权力斗争促成了秘鲁独立的成功。为避免军事冲突，圣马丁会见了新上任的总督何塞·德拉塞尔纳，并提议建立君主立宪制，该提议被否决。 德拉塞尔纳放弃了这座城市，1821 年7 月12 日，圣马丁占领了利马，并于1821 年7 月28 日宣布秘鲁独立。他创造了第一面秘鲁国旗。上秘鲁（玻利维亚）一直是西班牙的据点，直到西蒙·玻利瓦尔( Simón Bolívar)的军队三年将其解放之后。何塞·德·圣马丁被宣布为秘鲁的保护者。秘鲁的民族认同是在这一时期形成的，因为玻利瓦尔建立拉丁美洲联邦的项目陷入困境，与玻利维亚的联盟被证明是短暂的。
西蒙·玻利瓦尔从北方发起战役，在1821 年的卡拉沃沃战役和一年后的皮钦查战役中解放了新格拉纳达的总督辖区。1822年7月，玻利瓦尔和圣马丁齐聚瓜亚基尔会议。玻利瓦尔负责完全解放秘鲁，而圣马丁在第一届议会成立后退出政坛。新成立的秘鲁国会任命玻利瓦尔为秘鲁独裁者，赋予他组织军队的权力。
在安东尼奥若泽德苏克雷的帮助下，他们在1824年8月6日的胡宁战役和同年12月9日的决定性阿亚库乔战役中击败了规模更大的西班牙军队，巩固了秘鲁和上秘鲁的独立。上秘鲁后来成立为玻利维亚。 共和国初期，军事领导人之间普遍存在的权力斗争导致了国家政局动荡。
近代秘鲁
从1840 年代到1860年代，秘鲁在拉蒙·卡斯蒂利亚(Ramón Castilla)任总统期间享受了一段时间的稳定，通过鸟粪出口增加了国家收入。然而，到了1870年代，这些鸟粪资源已经枯竭，国家负债累累，政治内斗再次上演。接下来秘鲁开始了一项铁路建设计划，该计划直接导致秘鲁破产。
1879年，秘鲁参加了一直持续到1884年的太平洋战争。玻利维亚援引与秘鲁的联盟来对抗智利。秘鲁政府试图通过派遣外交团队与智利政府谈判来调解争端，但委员会的结论是战争是不可避免的。智利于1879年4月5日宣战。近五年的战争以失去塔拉帕卡省以及阿塔卡马地区的塔克纳省和阿里卡省而告终。整个战争中两位杰出的军事领袖是弗朗西斯科·博洛涅西和米格尔·格劳。原为智利承诺在数年后对阿里卡和塔克纳市举行全民公决，以自行决定它们的民族归属。 然而，智利拒绝适用该条约，两国都无法确定法定框架。太平洋战争结束后，一项非凡的重建工作开始了。政府开始启动一系列社会和经济改革，以从战争的破坏中恢复过来。直到1900年代初才实现政治稳定。
战后是Civilista danglingdao下的稳定时期，一直持续到Augusto Leguía ducaizhegnquan的开始。1929年的大萧条导致莱吉亚垮台、新的政治动荡和美国流行音乐的兴起以及革命联盟(APRA)的出现。在接下来的三十年里，革命联盟(APRA)与精英和军队的联盟之间的竞争决定了秘鲁的政治。1929年，秘鲁和智利签署了一项名为《利马条约》的最终和平条约，将塔克纳归还秘鲁。之间1932 年和1933年，秘鲁与哥伦比亚因涉及亚马孙省及其首都莱蒂西亚的领土争端而陷入长达一年的战争。
后来，在1941年，秘鲁和厄瓜多尔爆发了厄瓜多尔-秘鲁战争，之后里约议定书试图正式确定两国之间的边界。在1948 年10 月29 日的军事政变中，曼努埃尔·奥德里亚将军成为总统。奥德里亚的总统任期被称为奥赫尼奥。寡头和所有其他右翼人士迎来了一时的惬意，但走的是民粹主义路线，这为他赢得了穷人和下层阶级的极大好感。繁荣的经济使他能够沉迷于昂贵但讨人喜欢的社会政策。但与此同时，公民权利受到严格限制，腐败在他的整个政权中变得猖獗。总统奥德里亚卸任后由普拉多继任。然而，普遍存在的欺诈指控促使秘鲁军方罢免普拉多，并任命了一个由里卡多·佩雷斯·戈多伊领导的军政府。Godoy领导了一个短暂的过渡政府，并在1963 年，由费尔南多·贝朗德·特里 (Fernando Belaúnde Terry)赢得总统大选，他担任总统至1968 年。贝朗德因其对民主进程的承诺而获得认可。1968 年，胡安·贝拉斯科·阿尔瓦拉多将军领导的武装部队发动了一场针对贝朗德的政变。阿尔瓦拉多总统试图经济改革，但未能获得广泛支持。1975年，弗朗西斯科·莫拉莱斯-贝穆德斯( Francisco Morales-Bermúdez)将军强行取代了阿尔瓦拉多总统，废除了经济改革，并监督了民主的重建。
由于两国之间的领土争端，秘鲁在帕基沙战争中与厄瓜多尔发生了短暂的军事冲突，厄瓜多尔战败。在该国经历长期通货膨胀后，秘鲁货币索尔在1985年年中被新索尔取代，新索尔本身又被1991年7月的索尔取代，当时新索尔累计价值十亿旧索尔。 秘鲁人均年收入下降到720美元（低于1960年的水平），秘鲁国内生产总值下降20% ，国家储备为负9亿美元。当时的经济动荡加剧了秘鲁的社会紧张局势，并在一定程度上促成了农村暴力叛乱运动的兴起，例如Sendero Luminoso （光辉之路）和MRTA，在全国造成了巨大破坏。关注经济，来自Sendero的恐怖威胁日益增加Luminoso和MRTA，以及官员腐败的指控，Alberto Fujimori于1990 年就任总统。Fujimori实施了严厉的措施，导致通货膨胀率从1990 年的7650%下降到1991 年的139% 。