正所谓搂草打兔子，徐晋既然来了，自然不会再放任台湾处于三不管状态，以至于便宜了后来的西班牙人，所以便趁势率领舰队走一趟台湾。
此时的台湾岛上盘踞了大小十几伙海盗，不过徐晋大军一到，这些蛇虫鼠蚁立马便四散逃命了，动作慢的要么投降，要么被斩杀。
短短两天时间，台湾岛上所有的贼人全部被肃清，而本地的高山族土著也在头人的率领下，战战兢兢地跪倒在徐晋面前表示自此臣服大明。
于是，徐晋便上奏请求在台湾设立澎湖巡检司，并任命当地的土著首领为东番知事，将台湾作为一府并入福建省治下，自此名正言顺地把台湾纳入大明的版图。
待一切安排定当，三天后，徐晋留下一支千人的军队暂时驻守在台湾鸡笼码头，然后便继续率领舰队主力南下广东广州府，下一步便要跟西洋人好好算一笔总账了。