从2016年开始，要求医院降低医疗成本，提高运行效率，又剔除床位费和不计费耗材收入，从“以药养医”转变为“以技养医”，充分体现医务人员技术劳务价值。从2017年开始，医保基金实行打包支付后，结余资金按80%计入工资总额。2019年，进一步明确医院当年度发放工资总量由当年度工资总额、按疾病诊断相关分组（c—drg）绩效考核奖励资金、慢性病一体化管理绩效考核奖励资金和家庭医生签约服务收入4个部分构成。
实行目标年薪制
三明市参考医师收入高于社会一般平均收入3～5倍的国际惯例，从2013年起对三明市22家县级及以上公立医疗机构医师（技师、临床药师）实行目标年薪制。医师年薪由基本年薪（档案工资）和绩效年薪两部分构成。医师年薪按照城镇在岗职工平均工资水平的2～3倍来确定，并动态调整。目前，不同职称等级的医师其目标年薪从11万元～30万元不等。
从2015年起，实行公立医疗机构“全员目标年薪制、年薪计算工分制”，实现目标年薪全员覆盖，并实行同工同酬，突破人事编制与聘用的界限。院内人员年薪以工分制计算，即年薪计算由基础工分、工作量工分和奖惩工分三部分组成，彻底打破了人员工资与科室创收挂钩的分配模式。另外，还要求医院必须对本院上一年度薪酬发放情况进行院内公示，让每个职工相互了解薪酬发放情况，体现公平公正透明，防止暗箱操作，充分调动医务人员积极性，逐步实现“三个回归”（公立医疗机构回归公益性质、医生回归看病角色、药品回归治病功能）。
建立健全薪酬保障机制
三明医改挤压药品耗材流通领域水分、规范医务人员不合理的医疗行为，推动药品耗材“量价”齐下，为调整理顺医疗服务价格腾出空间。通过“腾笼换鸟”动态调整医疗服务收费价格，提高医疗服务性收入的比重，逐步实现医疗服务性收入、药品耗材收入、检查化验收入分别占比5：3：2的目标。据统计，先后8次动态调整理顺医疗服务价格，共转移增加医院医疗服务性收入达亿元，提高了医院收入的“含金量”，为实行工资总额核定下的全员目标年薪制提供财力保障，解决了公立医疗机构薪酬制度改革“钱从哪里来”的问题。
严格执行工资总额制度
一是严格执行“两条红线、一条底线”的原则。“两条红线”，即医院工资总额由三明市财政局、人力资源和社会保障局根据考核结果进行核准，医院不得突破核定的工资总额，院长必须在核定额度内自主分配；同时，不得亏损兑现。“一条底线”，即当医院无法兑现医务人员档案工资时，不足部分由当地财政补足，保证档案工资发放。
二是明确分配比例。严格规定工资总额的分配结构，医生（技师、临床药师）、护理和行政后勤管理团队的分配分别占工资总额的50%、40%、10%。各级医院结合工作量完成情况，将普通药师放在护理团队分配。
三是规定最高薪酬比例。明确把握好医师、护士和行政后勤人员的最高年薪比例，护士应在医师的70%以内，行政后勤人员应在医师的50%以内，突出贡献医务人员个人最高奖励不得突破规定目标年薪的1倍，即60万元。
改革医院财务管理制度
规范医院结余管理，医院年度收入分配后结余资金90%提取作为事业发展基金，5%提取作为职工福利基金，5%提取作为奖励基金，并明确相应支付范围和目的；实行全面预算和全成本核算，完善财务报表，明确各项收入、支出和结余，加强基本建设、设备购置、运行经费监管，提高医院运行效益。
激发基层内生动力