甲午战争中，萨镇冰以副将衔参加了威海卫保卫战、刘公岛等著名战役。
先后担任吴淞炮台总台官、"通济"舰管带、北洋水师总兵衔帮统领、"海容"舰管带、广东南澳镇总兵、广东水师提督等要职。曾于一九零八年由清廷派遣率舰队出访南洋。
一九零九年七月，清廷任命萨镇冰为筹办海军事务大臣，授予一等第三宝星勋章。
八月十四日，清廷又任命萨为海军提督，总管全国海军事务。
萨镇冰曾多次出访美国、日本，及欧洲的发达国家，在他的军事生涯和出访中，已经清楚地看到和感受到了清王朝的腐败、没落。
他在欧洲考察海军时，因脑后的辫子拖挂而遭人围观，曾手捧着大辫子气愤地对留学生们说："都什么时候了，中国人还拖这么个大辫子，真是太可笑！"
但他本人倍受清廷恩宠，忠君思想又使他不愿去反抗清廷。
攻打汉阳前，在冯国璋又一次下达海军全力协同陆军攻打民军的命令时，萨镇冰召集各舰管带开了一次会。
萨镇冰十分为难，他忧心忡忡地向各位管带道出了自已的处境。还拿出黎元洪、管带们劝他反正的信件，以及英国不主张攻打汉阳的函，让大家发表意见。
管带们个个低头不语，会议冷了好半天，不了了之。
萨镇冰深知部下们大多是倾向革命的，会后，他为应付冯国璋，只是下令各舰象征性地打了几炮，又差遣了几只小舢板驶往汉阳一线江面，向岸上放了几排枪……
萨镇冰在一种极为矛盾的心理驱使下，给黎元洪写了一封信，称："彼此心照，各尽其职。"还违心地为自己辩解说，"民国政体，不宜行于中国"，由此拒绝了黎元洪的要求。
自己虽不想参与，但深知军心不可违，只能选择引退。
给黎元洪的信送走后，萨镇冰把各舰管带召到"海容"舰舱中，悲切地说道："老夫有病，须赴上海就医，统领沈寿堃与我同去，此间各舰舰长中，以‘海筹’舰长黄钟瑛资历最深，堪为队长，望各位同仁鼎力相助。从明日起，即将我之提督旗落下，由‘海筹’升队长旗统率之。"!--over--