受到袁世凯的冷言冷语相待，唐绍仪也很委屈，但他觉得这是没有办法的事，坚定地认为，自己如果不负起责任，就有负大总统的重托。袁世凯可不领他的这份情，只是认定唐绍仪已经不再是他的合作伙伴了，他已经"不会再听从自己"了。早已习惯了大权独揽的袁世凯，费尽心思得来的大总统，岂容自己成为总.理上面的"虚君"？
在用人、财政、遵守《临时约法》规定等方面，唐绍仪和袁世凯看法都不统一。在筹款方面，唐绍仪拒绝英、美、德、法四国银行团提出监督中国财政的无理要求，让袁世凯非常不快，同时他也得罪了英美等列强，遭到他们的攻击。
很明显，唐绍仪和袁世凯的裂痕已经越来越深，达到了无法弥合地步。直接造成唐绍仪辞职的原因是是任命直隶都督事件。
参议院还在南京时，当时参议院规定各省督抚一律改称都督，咨议局改省议会，都督由省议会公举。
直隶代表谷钟秀、刘若曾等人考虑驻南京第三军军长，原广西副都督王芝祥有些威望，感觉人也不错，做直隶都督合适，就推荐给唐绍仪。唐绍仪对王芝祥印象也不错，马上表示赞成。
南方的革命党人，觉得这是个好主意，袁世凯不能来南京，在直隶安排个自己人也不错。事前，唐绍仪征求过袁世凯意见，袁世凯并没表示反对。唐绍仪随即通知了顺直议会（包括顺天府在内的直隶议会）。直隶议会通过必要的程序，批准了王芝祥任直隶都督的决定。
此决定报到唐绍仪处后，唐绍仪电报袁世凯：“准参议院咨文及各处函电，皆谓本省都督应先由人民公举，再由大总统委任命，王芝祥既经直人举为都督，应请速予发表。”
孙中山也为此发电袁世凯，请其按照直议会议决案加以委任。请他签署委任。
当初，唐绍仪请示袁世凯时，袁世凯可能没太在意，或许也没认真去想。现在看事情还真这么办了，袁世凯不干了。
直隶是自己的地盘，怎么可以容外人插足。自己身边，有一个革命党人军政大权在握，这还了得吗？所谓卧塌之侧，岂容他人酣睡。