激战一直进行到三月初，但由于袁军源源不断增加，而护国军既无援军可用，又乏饷械、弹药补充，部队也连续作战，极度疲劳。为保存实力，蔡锷不得不接受罗佩金、刘存厚等人的建议，于三月四日命令各支队撤出纳溪及其周边地区，向永宁方向徐徐引退。
秩序井然，袁军慑于滇军威风竟不敢发一追兵。
袁军冯玉祥旅首先进入纳溪。冯玉祥本想把他的部队撤到陕西去，可是还没有行动，正赶上护国军退出纳溪，他就乘机攻入。这样一来，冯玉祥便立了大功。
三月七日，袁世凯因此而破格封冯玉祥为三等男爵，策令中称赞冯是：“忠勇奋发，极堪嘉奖。”
同日，张敬尧得授勋三位加陆军上将衔，旅长熊祥生、吴佩孚、吴新田都晋级陆军中将，熊祥生部团长刘湘也得到勋五位和陆军少将。
这个时期可算是护国军最黯淡的一个时期，在袁军攻占纳溪的同时，护国军右翼军退出了綦江。广西方面龙觐光军攻占剥隘，湖南方面袁军周文炳师于三月十三日攻占麻阳。
大皇帝袁世凯这时收到的尽是捷报，最使他兴奋的，是川军统领杨起元从宁远来电。
杨起元电称：二月十三日他率部偷渡金沙江，夜袭摩鱼鲊，已由江驿过江进抵芝麻口。
袁世凯发表命令盛赞他：“出奇制胜，深入滇境，占领要隘，骁勇绝伦。”授他勋五位。
此为洪宪称帝后，这位袁皇帝最得意时期，也可说是袁世凯的回光反照。
袁军捷报频传，袁皇帝连日来情绪都处于亢奋之中。
为了鼓励前方士气，袁政.府采办了大批咸牛肉、咸猪肉、罐头食品、绍兴酒、彩缎、贡绸、金银用具、时钟、衣帽、刀剑、古玩字画、碑贴、相片、磁器等运往前线，分别慰劳将士。
对立功将领给以一等至五等荣光宝星勋章，得到勋章的人按勋章等别，每年可以分别领到年俸三千元、二千元、一千元、五百元、二百五十元。
同时发行洪宪元年六厘内国公债以充战费。
护国军退出纳溪后，袁军并没有勇气进行追击。而护国军只经过了十天的整顿，就于三月十七日卷土重来。