袁世凯本想通过这次会议，从各地抽调一大批兵力征讨护国军，倪嗣冲才有此一问。见到这样的结果，也只能作罢。
五月二十日南京会议举行第三次会议，冯国璋首先声明：“关于退位问题，本会无权表决，应召集国会来讨论决定。”
与会代表一致同意，可是又提不出召集国会的办法。
五月二十一日的第四次会议和二十二日的第五次会议经过了一再磋商，才决定了丁世峄的提案，且为冯国璋所赞同的办法。通电邀清独立各省代表参加南京会议，解决总统问题。
倪嗣冲对于独立各省代表共坐一桌开会讨论是不赞成的。张勋一心想取得督理江苏军务，内心亟愿把冯赶走，便和倪采取同一态度。
南京会议结束后，冯、张、倪联合发表通电云：
“云南唐蓂赓先生、贵州刘如舟先生、广东龙子诚先生、南宁陆干卿先生、杭州吕戴之先生鉴：华密。天祸中国，自启内讧，战端一开，造成浩劫。已经独立各省，困于杼柚，扰于兵戎，人民何辜，惨遭荼毒。其未独立各省，亦复惧祸无日，望治无期。风鹤频惊，难安启处。同舟相敌，嫌衅日深。夫以我国介列强之间，承积弱之敝，整齐固结，犹虑不遑，岂堪一再摧残，重伤元气。无如举事者之初意，本出于爱国热忱，而现政.府之转圜，亦抱定息争主旨，徒以意见隔阂，不能融洽贯通，遂尔背道分驰，乖离愈甚。
“虽彼此久已停战，而解决尚属空言。军队有枕戈坐甲之劳，商旅有裹足柅车之戒；百业停滞，众议沸腾，内部分攘，国将不国。长此因循不断，险象且百倍今兹。悲我者利用时机，已抉藩篱，而进窥堂奥，骎骎见逼，应付几穷。倘不审度国情，速筹正当办法，惟知谬执己见，日以语言文字相诘难，窃恐辩论方无已时，而主宰之权已不属诸我国人之手。方念及此，心骨皆寒。勋、国璋、嗣冲忝荷仔肩，安危与共，值此存亡呼吸，何容坐视沦胥。