段祺瑞当然不想看到护国军继续北进，当即接受了龙的乞援电。随后便电令江西督军李纯就近调遣北洋军第六师全部开往赣南，福建督军李厚基率军开往闽南。并派萨镇冰率海军以保护外侨为名开往广州，试图把广东仍保留在北洋军的势力范围之内。
李纯已有江西，李厚基已有福建，既然有自己的地盘，对于广东就不太感兴趣。所以对段的命令阳奉阴违，只是象征地派兵，其目的是防堵滇军侵入赣、闽。
鉴于广东形势的变化，段内阁乃于七月六日发表全国各省军民长官命令时，借机对广东问题大做文章。将李烈钧调到北京“另有任用”，以陆荣廷为广东督军，朱庆澜为广东省长，龙济光为两广矿务督办。同时又任命陆荣廷暂署湖南督军，陆未到广东前，仍由龙济光暂署广东督军。
在这个人事命令中，包含了诸多玄机：其一调李烈钧入京是调虎离山，移开了广东北洋派正面的敌人。其二桂军虽然也和龙济光为敌，可是态度不似李烈钧那么顽强，所以发表陆荣廷为广东督军，就可以软化桂军。其三又派陆荣廷署理湖南督军，是阻止陆到广东接任督军，使龙济光可以继续留在广东督军位子上，以待北洋军的来援。这是一石两鸟的妙计，对滇军是调虎离山，桂军是缓兵之计。
就段祺瑞来说，处理广东问题已是煞费苦心。
段祺瑞对广东的安排引起广东人士激烈的反对，以唐绍仪、梁启超、王宠惠为首的各党各派代表，纷纷电请北京政.府罢免这个广东人民的公敌龙济光。于是段乃借口“粤事真相不明”，加派刚由湖南逃出来的汤芗铭为广东查办使，并派海军上将萨镇冰为粤闽巡阅使，借海军来向敌对方面镇压。
汤芗铭和黎元洪、段祺瑞都有相当关系。由于他是湖北人，和黎元洪是同乡，又同为海军学生出身。袁世凯未死前，冯国璋召集南京会议，汤芗铭和冯国璋都是主张袁退位的。冯这样主张，是为了自己想借南方支持登上总统宝座，汤则是自始至终主张由副总统黎元洪继任大总统。
因为这个原故，黎元洪内心对汤极有好感。段祺瑞知汤是在重大压力下被迫宣布独立的，更知道汤这个人不会投靠国民党。加上段这时正要借重汤芗铭的哥哥、进步党领袖汤化龙在国会内相助，所以也极力想拉拢汤芗铭。
段祺瑞派汤芗铭为广东查办使，是想让汤最终署理广东，他的这一招应该是和袁世凯学的。袁世凯在癸丑二次革命时，曾派汤为湖南查办使，率领一部分军舰开到洞庭湖，随后即发表他为湖南都督。广东人士深怕段也来这一手，赶走了一个杀人魔王，又来了一个杀人魔王，因此坚决反对汤到广东。
陆荣廷是怎样想法呢？他的桂军本是向广东和湖南两方面发展的。他在广东，不像滇军那样和济军尖锐化，在滇军和济军相持时，借机带领了一部分桂军开进湖南，把湖南控制在他的手里。
拿湖南和广东相比，湖南地处要冲，内部情况复杂，财源不及广东富饶，两者相较，在鱼与熊掌不可得兼的条件下，陆荣廷当然要舍湖南而取广东。因此，七月十日陆荣廷不理睬北京命令他暂署湖南督军的命令，由衡州班师回桂，集中主力准备开赴广东。
段祺瑞在北京听说陆荣廷由湘班师回桂，正准备入粤的消息后，大为不安。这与他的安排恰恰相反，他本是一套假戏，而陆则是认了真要假戏真做。
段祺瑞这时在处理广东问题时，引起了阁潮。他和北洋诸将，对李烈钧都怀有敌意，认为李是北洋系的大敌。调李入京不过是虚招，他断定李不会受调，就可借机翻脸。秘书长徐树铮了解他的用心，未经阁议讨论和通过，便将令赣、闽两省出兵“讨伐”李烈钧的通电发出，从而导致了内务总长孙洪伊和徐树铮的正面冲突。