黎电副总统冯国璋代行大总统职务电：“此次政变猝生，致摇国体。元洪不德，统御无方，负疚国民，饮痛何极。都中情形，日益险恶，元洪既不能执行职权，民国势将中断。我公同受国民重托，应请依照《约法》第四十二条，暨《大总统选举法》第五条，暂在军府代行大总统职务。目前交通梗绝，印绶赍送，深虞艰阻。现已任命段芝泉为国务总理，并令暂行摄护，设法转呈。此后一切救国大计，请我公与芝泉协力进行，事机危迫，我公义无旁贷。临电翘企，不尽区区。”
黎免国务总理李经羲职，以段祺瑞为国务总理电：“此次政变猝生，元洪负疚民国，哀痛何已。于冬（二）日将任段芝泉（祺瑞字）总理国事，并电请冯副总统依法代行职权，在副总统未正式代理以前，一切机宜，统由段总理便宜处理。所有印信文件，业经送津，请段总理暂行摄护，并设法转送副座，呈请接收。再顷者公府卫队猝被撤换，催交三海。元洪亦即移居医院。此后一切救国大计，务请诸君商承冯副总统、段总理合力进行。”
七月二日下午，张勋才派人通告黎，限于二十四小时之内迁出公府。
北京外交团知道这消息，当天英、日、美、法、俄各国公使就在荷兰公使馆举行会议，决定对复辟问题暂时采取不过问的态度。
对中国总统的安全问题，公推荷兰公使以非正式手续警告外交部，不得加以伤害，并须加意保护。惧于列强，张勋不敢公然派兵驱逐黎元洪出府，仅于三日调换了公府的卫队，加强了对黎的监视。
当公府调换卫队的时候，黎元洪与留在公府的少数幕僚商定，在卫队交替的忙乱时期，冒险离开公府。
采取了转移目标之法，由公府侍从武官唐仲寅中将伪装成总统，乘坐总统的汽车出发。黎却扮作普通职员的模样，与秘书刘钟秀等乘坐蒋作宾的汽车出发，约定在法国医院集合。
到达法国医院时，因为没有医生签字的入院证，医院拒绝收留，黎元洪一行只得转往日本公使馆武官斋藤少将的官舍栖身。
七月三日，日本公使馆发表如下的通电：“七月二日午后九时半，黎大总统不预先通知，突至日本使馆区域内之武官斋藤少将官舍。日使馆认为系不得已之事，并为顾及国际道义，决定作相当之保护，即以使馆区域内之营房暂充黎大总统居所。黎大总统在日使馆时期内，绝对不许作政治活动。”
张勋复辟集团的倒行逆施立即遭到全国人民的强烈反对。复辟当日，北京大学教授李大钊愤然离开北京南下上海。当时在教育部供职的鲁迅冒雨到教育部提出辞职以示抗议。
时在上海的孙中山闻讯后极为愤慨，立即发表讨逆宣言，六日偕同一批同志乘军舰南下，计划到广州组织武力讨伐张勋。