蔡元培首先参加了会试的初试三场考试，会试房官王颂蔚阅读完蔡的首场试卷，觉得简直不像是八股文，特别的震惊。
“及二三场卷，则渊博无比，乃并三场荐之，且为延誉”。蔡元培遂考取了第八十一名贡士。
清代科考还规定，会考中贡士的，须经过复试列出等次，再参加殿试考中即为进士。不同的是，先前所有考卷，为防作弊，试卷都是经人抄写后，再交给考官去看。而复试和殿试的考卷是不用别人誊写，直接呈上的。这样，书法就显得格外重要。
复试和殿试是在会考后进行，而蔡元培是两年以后才完成的。
关于其中原因，说法不一。主流说法来源于南京国民党政府时期曾任中央图书馆馆长的蒋复璁。
据他说，蔡元培会考结束后，就去看望乡试中举的考官李文田。
李文田特别关心蔡元培这个学生，一见面顾不上客气，就赶忙问答卷情况。蔡元培早有准备，把自己考卷的草稿呈上。
李文田接过仔细看过后捶胸顿足，一个劲的说自己该死。蔡元培惊问怎么回事？
李说：“我早就想到了，本来要在你考前提醒你，一定要中规中矩。天算不如人算，就在你来京前，我有紧急公干外出，刚刚回来。我应该委托别人和你讲的，既然想到了……”
说完，李不住的叹息，很是自责。
蔡元培想不到李大人对自己如此眷顾，十分感动，反而一个劲的安慰对方。