此一时期，一大批有影响的儒学思想家，如林则徐、魏源、龚自珍、姚莹、何秋涛等，以治国平天下自许、以挽救民族危亡为己任，在当时中国思想学术界形成了蔚为大观的竞相追求新知的盛况，为蔡元培汲取经世思想提供了丰富的思想养料。
蔡元培受龚自珍影响尤巨。他自1888年即开始研读龚自珍的著作，“自戊己来，读定庵先生文，喜而学之”，故反复阅读并作详细读书札记，对龚自珍的思想、行文风格十分熟悉。龚自珍主张“更法”，蔡元培则强调社会由“据乱世”过渡到“升平世”，必须有量的积累，也隐含着“更法”改革的要求。时人有评，称蔡元培可谓当代的龚自珍。
于是，有人说，从表面上看蔡元培很反传统，实质来看，蔡元培自身的作略，其思想底蕴恰恰来自于儒家学说的熏染。问题就在于，正是蔡元培用自己的人生践行着儒家的一些内在精神，这恰恰使他对于儒学、中国传统文化的一些外在的形式不那么看重，乃至于很快就能坚决地转到投身革命，以及后来宣扬新知、新文化的队伍中去。
他骨子里透出来的担当和关怀天下、奋不顾身的责任感，不为个人得失斤斤计较，又谦和而不冥顽，这些都可说的上是儒士风骨的延续。
其实，在笔者看来，蔡元培的“翰林造反”，从根本上说源自两个方面：从客观而言，是因为清王朝所代表的封建专制制度已经进入穷途末日；从主观而言，则是蔡元培饱览群书，厚积而薄发，是长期的学习和思考所做出的选择。
光复会成立的第二年，即1905年，孙中山、黄兴、陈天华等人在日本成立同盟会，比光复会晚了一年。孙中山成立同盟会的原因，是当时中国国内的反清革命团体缺乏统一领导，不能形成合力。鉴于蔡元培的影响，同盟会在成立后，把蔡元培任命为上海分会会长。蔡元培一时成了同盟会和光复会的双料会员。
蔡元培这时可没有考虑自己的小团体利益和宗派，他从革命形势的大局出发，在接受孙中山的委任后，他便积极地说服光复会同志，化解罅隙，把光复会置于同盟会的领导之下，停止以光复会名义在上海的活动。这就为中山先生的革命事业平添了一股生力军，扩大了其在国内的影响。!--over--