范源濂也这样忆及当年在教育部与蔡元培共事的情景，“在我们合作期间，部里的人都是知无不言，言无不尽，讨论很多，却没有久悬不决的事。一经决定，立刻执行。所以期间很短，办的事很多”。
4月底，蔡元培在与部员谈话中提出：鉴于目前各校程度参差不齐和请末办学的“奢、纵”之弊，“拟将中学以上官、公、私立学校，严加归并，淘汰冗员，严定章程，以便早日开学。”表达了其整顿教育的决心。
5月初，他通令将北京大学堂易名为北京大学校，提名启蒙思想家严复出任校长。
接下来，他在参议院发表施政演说时明确表示：总长之职“既勉强担任，断不敢存五日京兆之心”，就教育方针、设施、行政权限、派遣留学生及少数民族教育等问题发表了意见。特别强调：“在普通教育，务顺应时势，养成共和国民健全之人格；在专门教育，务养成学问神圣之风气。”
毫无疑问，这充分表达了蔡元培投身教育的理想和信念。
1912年7月10日，当时的中华民国教育部，发起召开了有各地教育专家参加的，全国教育临时会议。
蔡元培在大会的开幕词中言道：“今日之临时教育会议，即中华民国成立以后第一次之中央教育会议。此次会议，关系甚为重大，因有此次会议，而将来之正式中央教育会议，即以此次会议为托始。且中国政体既然更新，即社会上一般思想，亦随之改革；此次教育会议，即是全国教育改革的起点。此次议决事件，如果能件件实行，固为重要关系；即使间有不能实行者，然为本会已经议决之案，将来亦必有影响。诸君有远来者，即或在近处者，亦是拨冗而来，均以此次会议系重大之故。
“民国教育与君主时代之教育，其不同之点何在？君主时代之教育方针，不从受教育者本体上着想，用一个人主义或用一部分人主义，利用一种方法，驱使受教育者迁就他之主义。民国教育方针，应从受教育者本体上着想，有如何能力，方能尽如何责任；受如何教育，始能具如何能力。从前瑞士教育家（沛斯泰洛齐）有言：昔之教育，使儿童受教于成人；今之教育，乃使成人受教于儿童。何谓成人受教于儿童？谓成人不敢自存成见，立于儿童之地位而体验之，以定教育之方法。民国之教育亦然。
“君主时代之教育，不外利己主义。君主或少数人结合之政.府，以其利己主义为目的物，乃揣摩国民之利己心，以一种方法投合之，引以迁就于君主或政.府之主义。如前清时代承科举余习，奖励出身，为驱诱学生之计；而其目的，在使受教育者皆富于服从心、保守心，易受政府驾驭。现在此种主义，已不合用，须立于国民之地位，而体验其在世界、在社会有何等责任，应受何种教育。……”
一句“全国教育改革的起点”，可谓让全体参会人员激情洋溢、热血沸腾。
在这次会议上，蔡元培将事先起草的四十余项提案逐一交由会议讨论，这些议案，凝聚着蔡元培和教育部同事的心血，设计了和规定了新教育的体制和细则，从而构建了后来实行十年之久的“壬子癸丑学制”的基本内容
与会者们进行认真的讨论和修改，从而形成了中华民国新的教育宗旨：“注重道德教育，以实利教育、军国民教育辅之，更以美感教育完成其道德。”这基本就是蔡元培“五育主义”的翻版。
会议的最重要成果是《学校系统令》，因是农历壬子年颁布实行，史称《壬子学制》。
《壬子学制》规定：初等小学校学制4年，为义务教育，毕业后可入高等小学校或实业学校。高等小学校学制3年，毕业后可入中学校或师范学校、或实业学校。初小、高小均设补习班，学制2年。中学学制4年，毕业后可入大学或专门学校，或高等师范学校。师范学校本科4年，预科1年。高等师范学校本科3年，预科1年。实业学校分甲乙两类，各3年。专门学校本科3—4年，预科1年。大学本科3—4年，预科3年。