在确定人选的时候，一些同盟会代表告诉蔡元培，黎元洪本人实际上是被士兵们逼迫参与首义的，而且私下还与袁世凯的北洋势力有牵连，认为黎当大元帅不妥。有人还给蔡元培绘声绘色的讲了“床下督军”的传闻。蔡元培信还是没信，不得而知，反正在筹备大会上，蔡元培提名黄兴做大元帅，各省代表一致表示赞同。
会议上，率直的章太炎当场站了起来，说黎元洪无论如何也是参与了革命首义的有功之臣，影响重大，不可辜负。大家遂举黎元洪为副元帅。
而后来因为武昌方面的反对和首义地位之重要，最后还是黎元洪当了大元帅。
蔡元培对黎元洪印象很一般，但黎元洪对蔡元培的印象却特别好。他就任大总统，特别想改变党同伐异、军人干政的风气，曾想任命蔡元培为浙江省长。而浙江的乡绅们，也有意推举蔡元培为浙江督军。因此事牵扯问题过于复杂，黎元洪的这个想法没能实现。
1916年7月12日，黎元洪任命范源廉主管民国的教育部。这时，社会舆论纷纷呼吁整顿北京大学，黎元洪首先想到了蔡元培。
蔡元培在任教育总长期间，主持制定了中国第一个西方化的新学制“壬子癸丑学制”，以及将京师大学堂改为北京大学等惊世之举，给黎元洪留下的印象很深，蔡元培当教育总长的赞扬之声，他不会听不到。
1916年12月22日，蔡元培携眷应召于大风雪中回到北京。大总统黎元洪接见了蔡元培。随后，北京政府教育部奉大总统令，于12月26日正式任命蔡元培为北京大学校长。
蔡元培走马上任后，面临着教育经费的困难。黎元洪闻知后，先从自己做起，压缩总统府预算、自减薪水，由袁世凯规定的每年192万元减为每年57万元，挤出资金扶植教育。
在接见蔡元培时，黎元洪曾与蔡讨论女子参政问题。
黎元洪说，有人以妇女程度不够为由反对。蔡元培则反驳这种说法，他认为应该只问妇女参政该不该，不能问她们程度够不够，纵然不够，也可用教育补足，不能剥夺其权利。
黎元洪听了后点头赞成。
应该说，蔡元培到任后对北大进行了大刀阔斧的改革，没有黎元洪的大力支持，也是很难实现的。