1928年2月10日，蔡元培又召集全国各地体育界代表，在南京组织全国体育指导委员会，商讨办法，促进公共体育。5月，更明确将开展军事教育和体育写入《全国教育会议宣言》中，提出凡中学以上应以军事教育为必修课，每年各校学生应进行三星期连续的严格军事训练。
大学院制改革失败后，蔡元培虽不再在国民政府的教育机构中担任行政职务，但他继续致力在教育上，提倡中国的义务教育和职业教育。
1930年10月，蔡元培在《现代学生》月刊创刊号上发表《怎样才配做一个现代学生》一文，教导青年学生要有“狮子样的体力”“猴子样的敏捷”“骆驼样的精神”“崇好美术的素养”和“自立”“爱人”的美德。
1934年1月，蔡元培又就青年教育问题向记者发表了谈话，稍后又在《浙江.青年》上发表《我们希望的浙江.青年》一文。
他对青年的三点希望仍然是：一、健强的体格；二、研究的精神；三、美术的陶冶。
他说：“一方面在知识及技能上有科学的基础；一方面在感情上有美术的熏习，以这种健全的精神，宿在健全的身体，真是健全的青年了！”
1936年1月，蔡元培度过了他的七十寿辰，但他在工作上并不稍懈。这一年，他除继续主持中央研究院的相关工作，并应邀到一些学校和文化团体演讲，还为他人的著述写下十余篇译文和文章。
“九一八”事变前夕，日本军国主义势力屡在中国东北挑起事端。蔡元培公开发表了对日问题的看法，他曾建议向东北地区移民，充实东北三省。
“九一八”事变爆发后，举国震惊。蔡元培马上放弃了在国民党内成立第三势力，调和宁粤矛盾，以图一致对外。