为避免同室操戈愈演愈烈，朱干事被迫辞职了，但学生们态度坚决拒绝和解，他们带人破坏了学校设施，公开在报纸上声讨攻击中国公学。最终，50多名学生坚决退学，自立门户，组了一个健行公学。
学校诞生仅10天就闹出来的分崩离析，无疑使中国公学的形象大受损害。本来观望的人，这下成了看热闹的，说这帮学生简直就是胡闹，幸亏自己当初没出钱。而更严重的影响是，上海官府本来批付一部分经费，但因为出了这事，已经在走流程的款项，被紧急召回了。
整个事件，姚宏业一直尽力周旋，力求保住中国公学的颜面，但无奈以失败告终，他痛感：“东京之现象既如彼，内地之悲观又如此，此次归国对外之种种大愿，终莫得遂。”
失意失望、郁闷悲痛，姚的脑中渐渐浮现出陈天华的身影。冥冥之中，他萌发了同样的以死明志的念头。
4月5日，姚宏业和干事王敬芳促膝长谈，把自己所有想说的话都说尽了。王觉察出不对劲，想着第二天是清明节，就说一起出去散散心，姚一口答应。但第二天敲门时，姚不在屋内。此后7天，杳无音信。
13日，报纸上刊登了一则消息，说黄浦江里打捞上来一具尸体，是个穿西装的中国人。王敬芳、张邦杰等人感觉不妙，立刻赶往医院认尸。但尸体已经膨胀模糊，无法辨认，只从口袋里翻出两枚图章，一个“剑生”，一个“竞生启事”。剑生、竞生是姚的字号，这尸体无疑就是他了。在场之人无不痛哭流涕，无法抑止。
人们在整理姚的遗物时，发现一封事先写好的遗书，字里行间，言辞慷慨，声泪俱下：
“……我愿我死之后，君等勿复念我，而但念我中国公学……竭力求学以备中国前途之用……振起精神，无轻灰心，无争意见，于各事件不完善者补之，不良者改之，务扶我中国公学为中国第一等学堂，为世界第一等学堂而后已。我愿我四万万同胞之官绅、兵士、农工商，贵者施其权、富者施其财，智者施其学问，筹划以共，维持扶助我中国公学……我死后如有知也，愿此一点灵魂与我中国公学共不朽！”
赤子丹心，苍天可鉴。投江这一年，姚宏业不过才25岁。
悲剧发生后，感动了不少人慷慨解囊相助。清政府迫于舆论压力，也不得不在1907年夏由两江总督端方拨给上海市郊吴淞炮台公地100余亩土地为校址，大清银行助借10万两白银兴建校舍。
姚宏业几千字的遗书在报纸上发表后，引起社会震动。胡适从报上读到这份遗书。受到极大感动与鼓舞，遂决定报考该校。