上次的整编，各部都没有怎么遵守，如王祥甚至公然私自任命了三十六挂印总兵等。
这次文安之决心借机大力整顿，把最不听话的巡抚马乾送去南京，然后削夺诸将的兵额，重划驻地。
王应熊、王祥诸部，总共保留三千兵马，驻遵守。
樊一蘅、甘良臣等也只保留三千兵马，驻地更是直接划到昆明，现在四川，属于客军。
马乾被踢出局后，曾英部削减为三千兵，驻防顺庆。
原范文光的部将刘道贞和黎神武，则都编为范文光的标营中，随他调去贵州。
贵州最大军头皮熊，这次也只给了三千兵额，与总督同驻贵阳。
原范文光大将曹勋，升授建昌总兵，杨展和朱化龙原来都是小军头，与王应熊樊一蘅马乾关系一般，之前也较尊奉文安之的命令。
这次也都升职，朱化龙升松潘镇总兵，杨展仍为提督衔，统经略标兵。
一番调整后。
四川实际保留了四镇省营，分别是松潘总兵朱化龙、建昌忠孝镇总兵曹勋、顺庆总兵曾英和石柱忠勇镇总兵马万年，皆是各三千兵。
然后秦翼明的四川提督标营，五千兵。
五省经略文安之的经标，五千，提督杨展统领，
总统秦良玉的统标，五千，总兵秦拱明统领。
四川总督王应熊督标三千，总兵王祥统领。
就剩下这些番号兵额。
樊一蘅是云南总督，甘良臣是他的督标总兵，他们的三千人在四川属于客军，同样范文光是贵州总督，刘道贞是他的督标总兵，黎神武是副将。
至于皮熊，是贵州提督，三千提标，也属于客军。
另外御营川贵行营五千，驻重庆，这不在地方军序列。
四川的省营一万二，加提标五千，总共才剩下一万七的战兵，以秦翼明为首。
经略、总督、巡抚们的标营，不在提督统领之列，但都在文安之指挥序列。
谷梈