而现在皇帝却是把巡抚衙门健全，他下面不仅也有了经历司、照磨所、理问所，甚至还设了刑名、钱谷等几个总案科长。
另外，巡抚衙门下还增设了提学厅、提刑厅、粮食厅、水利厅、邮驿厅、税务厅等六个专门的厅，由过去的专职道改设而来。
他们都直接隶属于巡抚衙门，各专管一块。
比如提学厅，就专门负责教育、学校、科举，以及本省的学生，甚至是涉及有功名的举人秀才等的案件时，他们也负有监审协查等权。
提刑就是负责司法刑狱的，粮食水利邮驿税务也不用说，各负责一块。
几位厅长都是正四品官职，司历是正六。
原来布政使本来是一省高官，但现在其实已经仅为主管钱财赋税民政的常务高官了，不过他有自己的布政使司衙门，下面有经历司照磨所理问所三个下属机构，另外还有仓大使、税大使，仓大使就是管理财务和出纳，税大使是管征收税赋的。
现在皇帝也给他增配了总案，以取消私人幕僚师爷，改为公职。
按察使则相当于是副书记兼政法高官，主要负责司法刑狱这块的，重大案件，会议布政使办理，并报于巡抚，每年秋审，充主稿官。
他还负责管理全省驿传事务。
遇大计之年考核外官，还要充任考察官，遇乡试之年，还要充监试官。
所以按察使除了司法这块，主要就是负责监察这块，甚至还兼带交通厅长这么个职务。
现如今，和布政使一样，都是巡抚的副职，当然，也不全是副职，因为朱以海又规定，总督、巡抚、布、按，是有相互监督之权的，若发现违法违纪之事，有义务上报。
另外，一省里的重大事务，不管是军政，还是民政，还是司法财政等，要督抚会同布按，以及巡按一起会商。
类似于省常委会议，巡抚虽是班长，但也不是事事一人说了算的，当然最后他拿主意，但也得充分考虑其它人的意见。
而在设总督的省，一般是总督兼本省巡抚。
这次巡按祁理孙发文给巡抚黄宗羲，说现在山东发现了田地的重要问题，需要省里各主官们一起会商协议，黄宗羲不敢丝毫怠慢，立即就召集了布按，以及各厅长，甚至是分巡、知府等。
还把祁理孙指名的历城知县姚启圣了叫来了。
巡按不是地方官，是天子钦差，他发现了重要问题，督抚都不敢大意，况且，其实黄宗羲最近也在忙这事，山东土地问题很多，越查问题越多。
祁理孙踏进巡抚议事厅时，刚加了总督衔的黄宗羲赶紧站了起来，布、按，分巡、厅长等也纷纷起立迎接。
“黄部堂客气了。”
如今督抚已是正式地方官员，不再兼部院衔，但大家还是习惯称总督部堂，称巡抚部院，以往过去总督会加兵部尚书衔兼右副都御史，巡抚加兵部侍郎兼右佥都御史等。
当然，有时大家也习惯称总督为制台或总制，据说总制之名源于正德皇帝，自称是总督军务威武大将军总兵官太师镇国公朱寿，觉得总督这名不霸气，就改称为总制。后来嘉靖让恢复总督之称，不称总制，但私下里大家也还喜欢称总制，或制台。