唐廷枢的组合拳很快就爆了威力，先是左宗棠上书朝廷，建议让大明铁路公司，继续将境内铁路向前延伸，此举有助于稳固边防。
可是随即就被满朝清流骂作汉奸，左宗棠据理力争，提出西北边防折，痛陈大清有可能失新疆，失新疆则蒙古震荡，蒙古震荡则京师不安，强烈要求朝廷准许他进疆平叛。
新疆已经混乱了很多年，回教政权、汉人民团、沙俄武装，三方割据已有十个年头。
1867年从中亚进入新疆的阿古柏匪帮就已经占据了新疆绝大多数地区，清政府除了塔城、乌苏等少数据点外，已经失去了对新疆大部的控制。沙俄又在187o攻占了伊犁，派兵向乌鲁木齐进的时候，被当地汉人民团徐学功伏击，才止住扩张的步伐。
之后十几年，清政府陷入与太平军的鏖战无暇西顾，新疆就几乎限于失控状态。阿古柏匪帮在新疆实行严酷的宗教法，逼迫所有民族入教，征收重税，民怨沸腾。以徐学功为代表的一大批汉人民团，团结当地满人、鄂伦春等心向满清的民族，在险要之地结寨自保，开辟土地割据求活。而阿古柏则对这些民团紧追不舍，屡经血战，新疆的汉人和汉化民族，几乎被仇杀一空。
而英国和俄国则争先拉拢阿古柏政权，以图在中亚地区争霸中占得先机。
1868年，英国派遣特使会晤阿古柏，承认其政权，次年，阿古柏也派亲信米尔扎·沙迪赴印度会见英国总督，争取英国支持。英国决定向其赠送大批军火，并允许其在印度招募工匠回喀什设立军工厂。187o年，俄国也派人前往喀什会晤阿古柏，承认其政权。
英国的目的很简单，他没有力量跟沙俄在6地上争霸，所以打算培植傀儡抵御沙俄南下威胁印度，保卫印度，始终是本世纪英国最大的外交方针之一。为此英国不断的游说清政府承认阿古柏政权，换取阿古柏名义上向满清臣服。
可阿古柏则跑到了土耳其得到了奥斯曼帝国哈里的册封，成为回教教法中合法的新疆埃米尔。
沙俄则坐视汉人民团和阿古柏匪帮相互仇杀，伺机而动。同时不断的诱惑清政府，表示愿意以在新疆跟清政府合作对抗阿古柏，换取清政府准许他们向渤海扩张的行为。