可清政府既不愿意承认阿古柏，给阿古柏册封，也不愿意让沙俄将铁路修到天津或者葫芦岛，因此新疆的问题就一直僵着。
直到左宗棠与北伐的汪海洋部激战两年后，由李鸿章将其换防，之后鲍进入云南打击杜文秀叛乱，左宗棠则进入陕西剿灭白彦虎叛乱。
历经数年终于将叛匪主力歼灭，余部逃亡新疆，左宗棠认为新疆局势已经到了刻不容缓的地步了。
但此时清朝财政已经岌岌可危，到处都是窟窿，左宗棠进兵新疆，又会是一笔极为庞大的开支，清政府承担不起。
无钱、无粮的左宗棠，就只能想办法自筹，甚至在山西饥荒饿死人期间，左宗棠还在向山西讨要军饷，山西巡抚凑不够，他还上书弹劾，可见左宗棠已经困难到什么程度了。
大明铁路公司许诺钱粮支持，左宗棠也顾不得脸面了，更何况他本来就认为铁路的修建对他进兵有重大意义，而清政府无力也无技修建，那何不让大明延伸铁路线，一举两得呢。
所以左宗棠就上了这么个折子，谁想到引起保守派的一致围攻，似乎要将这么多年的恐慌和憋闷都一股脑的倾泻到左宗棠头上。