其中控本系指的是水木控股或其全资子公司直接控制的上市公司，包括同方股份、诚志股份和辰安科技。紫光系以紫光集团为平台，控制紫光股份、紫光国微和紫光学大，参股文一科技等众多上市公司；启迪系通过启迪控股，控制启迪古汉和启迪环境。此外，紫光系、启迪系分别参股多家a股公司，同方股份是泰豪科技的第一大股东。
诚志股份是水木大学控股的一家从事生物制品及医药生产和销售的高科技上市公司。目前水木控股直接持有诚志股份%的股份，通过全资子公司诚志科荣持有%。水木控本系的另一家上市公司辰安科技，主要依托水木大学公共安全研究院的技术优势，从事公共安全和应急技术的产业化，水木控股直接持有辰安科技%股份，通过全资子公司水木控创持股%。
至于同方股份，在水木控本系中拥有着特殊的地位，因其规模、知名度均较另两家上市公司有更大的优势。同方股份是水木控股唯一的直接控股的a股上市公司，后者依托水木大学的科研实力与人才平台，走产学研结合之路，定位于多元化综合性科技实业孵化器，致力于华夏高科技成果的转化和产业化。截至目前，水木控股直接持有同方股份%，紫光集团持股%。
在水木大学的校办企业中，紫光系最为庞大和复杂。紫光集团是一家领先的数字化基础设施和服务企业，并着力发展电子元器件和设备制造产业。截至2018年底，紫光集团在全球拥有4万名以上员工，总资产约为2700亿元。紫光集团是全球第三大手机芯片设计企业，占到全球sim卡芯片市场份额的20%以上。水木控股持有紫光集团51%的股权，另外49%属于健坤投资。健坤投资的第一大股东是赵伟国，持有70%股权，另外两名股东是李义、李禄媛，各持股15%。
启迪系的平台是启迪控股，后者的控股子公司启迪科服为启迪古汉、启迪环境的控股股东，直接持股比例分别为%、%，启迪科服还通过两家全资子公司持有启迪环境%股份。启迪控股是一家依托水木大学设立的聚焦科技服务领域的科技投资控股集团，是水木科技园开发建设与运营管理单位。启迪控股官网称，公司管理总资产规模超过2000亿元。
除了水木控股外，还有这十年水木大学设立的‘大学生创业基金会’，这个基金会的主旨是帮助水木大学生创业，以提供创业资金获得这股份，这部分也是不容小觑，至今参股的公司，按照市场价值股份来算，也是急剧扩大到1800亿元，而且因为参股的公司都属于急剧扩张阶段，这部分的价值还在不断增长中。
秦元清也是有些头疼，说实在的，很多人对于校企改革是很抵触的，因为水木的校办企业，都是属于优质企业，背靠着水木，这些企业可以获得水木的技术支持，再加上水木这些年资金充足，不需要从这些企业吸血，这就导致这些企业不断发展壮大。
可是上级的一纸文件，却让水木大学不得不硬着头皮去执行，只是才没多久时间，水木大学的改制就遇到了极大的困难，难以继续推行。
“唉，原本还在想，扶持诚志股份，将生命实验室的一些专利授权给诚志股份，看来是我想得太简单了！”秦元清叹了口气说道。
黄校长则是大惊失色，苦笑地道：“校长，你可别这么做，现在我们已经是一个头两个大，处理校办企业真的是麻烦事，你要是再扶持诚志股份，虽然可以快速壮大诚志股份，可是我们的麻烦就会更大，这不是公然对抗上级么。”
秦元清揉了揉自己太阳穴，说实在的，对于国内的药企，不管是国营的，还是民营企业的，秦元清都不怎么看得上，实在是这些药企巨头在科研投入上惨不忍睹，哪怕他将专利授权给他们，秦元清都怀疑这些药企巨头不会利用机会壮大自身，提升自己的科研力量从而提升实力，而是吃得肥头大耳的，满嘴都是油。
这就违背了秦元清的初衷，他希望华夏的医药企业能够将目光着眼全世界，提升自己的实力，以对抗海外药企巨头，而不是让华夏成为海外药企巨头肆意戳取超额利润的地方。
既然交给校办企业行不通，又不想跟国营药企巨头或者民营药企巨头合作，秦元清就不由得想到，是不是自己成立一家药企，然后借助实验室的专利以此一步步发展壮大，成为新的药企巨头。
像辉瑞，能够成为世界医药巨头，不就是因为实验室阴差阳错搞出了蓝色小药丸，从此有了立于不败之地，凭借着蓝色小药丸在世界攻城略地。
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