第二条：大总统不能亲临军.务院所在地时，一切军政、民政、对内、对外事宜，以军.务院名义行之。
第三条：军务院置抚军，无定员。以抚军议决或同意行其职权。抚军以各省都督或护理都督、全省以上联合军都司令、都参谋及各独立地方成军有二师以上之军总司令任之。凡新取得前项资格者，同时取得抚军资格。
第四条：军.务院由抚军互选抚军长、副长各一人。抚军长执行抚军议决及同意之事项。抚军得赞襄抚军长协理一切。抚军长有事故时，副长摄行职权。抚军长、副长俱有事故时，得公推抚军代摄行职权。
第五条：军务院置政务委员会，由抚军互选一人领委员长。设各种委员，无定员，分掌外交、财政、军政、法制各项政务。
第六条：军务院置各省代表会，由各省都督各派二员列席，以备咨询。
第七条：军务院置秘书，无定员，承抚军长、副长、政务委员之命，掌管机要事宜。
第八条：军务院遇有关于对内、对外特别重要事宜时，由抚军之合议或同意得特任专使处理之。
第九条：军务院所属各种委员会、各省代表会组织细则，以院代定之。
第十条：军务院自国.务.院依法成立时撤废之。