原来拟议中的抚军长是岑春煊，其后决定推唐继尧。因为云南唐继尧是护国首义之人，又是实力派，由唐继尧为抚军长更合适些。这样，岑春煊便出任副抚军长。
军务院设于肇庆，唐继尧远在昆明，便由岑春煊以副抚军长代理抚军长。并推刘显世、陆荣廷、龙济光、梁启超、蔡锷、李烈钧、陈炳焜为抚军。
抚军资格规定为独立各省都督及军长以上的实力派，梁启超则是特殊的例外，是实力派以外的人。因为是倒袁的首创者，又是护国精神领袖蔡锷的老师，所以他很自然地成为军务院中的政.务委员会委.员.长。
军务.院直隶大总统，这里所谓的大总统当然不是袁世凯。大总统不能施行职务时，由军务院代行，军务院置各省代表会，由各省都督派代表二人列席。以唐绍仪为外交代表，王宠惠和温宗尧为副代表。
唐继尧遥任抚军长后，通电中外，略谓：“迫于时艰，勉膺重任，谨掬血诚，誓以公心效忠国事，一俟大难削平，即当退避贤路。”
蔡锷是反对设立军务院的，当五月初旬两广筹组军.务院时征求滇、黔意见，蔡即复电认为目前只须迫袁退位，而由段祺瑞出面主持。“不宜组.织政.府，致招争权夺利之嫌，而启南北分裂之渐”。
蔡锷的想法和当年朱元璋“缓称王”的思想是相通的。是想明白的告诉世人，他们大家挺身而出反对袁氏称帝，是为了捍卫共和，为了护国，而不是为争权夺利。
军务.院成立后，发表第一号宣言：
“中华民国大总统领海陆军大元帅一职，依法应由副总统黎公继任，已由本军政.府宣言在案。但黎公今方陷贼围，未克躬亲职务。查《大总统选举法》第五条第二项云：大总统因故不能执行职务时，以副总统代理之。副总统同时缺位，由国,务.院摄行其职。今大总统身体蒙难，副总统职尚虚悬，国.务.院又非俟大总统任命，经国会同意后，不能组织。