黎元洪和总统府自丁佛言入幕后，声势一振。一直忍气吞声的总统府人员，如哈汉章、金永炎、黎澍、蒋作宾等，也强硬了起来，都群起而呼应丁佛言。
段祺瑞本来因黎元洪时不时的过问一些事就烦得要死，怎能受得了这一套。便撂起了挑子，请假不视事。
后经徐世昌等说和，段祺瑞才稍稍做出让步，于八月廿六日手谕徐树铮：“本院呈请大总统核阅文件，应责成该秘书长躬自递呈，用印后赍回，无论风雨黑夜，不得假手他人，以昭慎重而免差异。”
同时有文呈报黎元洪：“逐日文件，均由树铮躬递。该员伉直自爱，不屑妄语，其于面对时，凡有声明为祺瑞之言者，祺瑞概负全责。”
对有关府院权限问题，亦议定折衷办法如下：
（一）国务会议议事日程先期呈阅，事后送呈议事纪录；
（二）国务会议散会后，推国务员一人入府报告议决事项；
（三）每星期五，国务员齐集总统府会商政务。举行聚餐；
（四）总统对国务会议议决案如有认为不合者，得命总理及主管阁员说明其理由，如仍认为不合，得交复议一次；
（五）未经国务会议议决之命令，总统得拒绝盖印。
府院职权因此明确划分，这样一来，总统府和国务院的矛盾，得到了一定的缓解。