徐树铮不只和总统府秘书长对立，在国务会议中也引起了极大的麻烦。在第一次阁议中，内务总长孙洪伊就和徐树铮吵了起来。这便是我们前边提到过的“阁潮”，
照法理讲，国务院秘书长只能列席内阁会议，并无发言权。那次阁议中，讨论到广东李烈钧和龙济光的纠纷，徐树铮主张电令闽、粤、湘、赣四省会剿李烈钧。孙洪伊主张去电和解，其他阁员皆赞成孙的主张，不过为了段的面子，没有制止小徐发言。
徐树铮竟于阁议后，将会剿李烈钧的电报拍发，待四省复电国务院，阁员们才知其事。孙洪伊遂在阁议席上指责小徐，小徐也反唇相讥，两人几乎拍桌吵闹。后因段祺瑞袒护小徐并主动承担责任，阁员们顾及段的面子，才未过于追究。
总统和国务院职权划分后，国务院大权几乎全集中于徐树铮之手。不止孙洪伊不满，其他阁员也不满意。不久发生了任命郭宗熙为吉林省长和查办福建省长胡瑞森案，遂使内阁的火.药气氛接近爆炸。
这两案都是徐树铮擅行决定，得段同意办理，既未经阁议审查，又没有主管内务总长副署，徐即以国务院名义径行咨复国会。
孙洪伊认为小徐眼中完全没有内务总长，段也不尊重自己，乃当面质问段祺瑞：凡与各省民政长及有关的问题，内务总长是否无权过问？院秘书长是否有权擅自处理？
孙洪伊（1870—1936），直隶天津（今天津市）人，字伯兰。曾入袁世凯幕。清宣统三年（1911）任直隶谘议局议员。辛亥革命后与汤化龙等在上海组织民主党，参加进步党，为首领之一。一九一三年被选为众议院议员、宪法起草候补委员。曾公开发表言论，反对袁世凯图谋帝制。
一九一六年任教育总长，旋改任内务总长，不久辞职。同年在上海组织“宪法商榷会”。一九一七年参加护法运动，任军政.府内务部部长，次年去职。一九二零年任广东政.府顾问。直皖战争后，旧国会恢复，被称为“小孙系”首领。历任教育总长、内务总长等职。参加了护法运动，反对段祺瑞。一九二零年在广州任军政.府顾问。一九三六年三月二十八日病逝于上海。
段祺瑞无言回答，只能说一句：“树铮荒唐。”
吩咐把胡瑞森一案的咨文追回，可是国会已经印发了出去，无法追回，孙洪伊乃于八月三十日愤而辞职。
段祺瑞一面派许世英致意慰留，一面调整内阁办事程序五点。