为了救助和帮助这些留法俭学生，蔡元培，李石曾等人为此组织旅法学界西南维持会。规劝这些人在事关“学问及进退者甚大”的归国问题下，“审慎而熟虑之”，同时安排学生到西南尚未停课的学校学习。由维持会代向中国驻法使馆借款或向法国学校申请缓交学费。并发放每人每月70法郎的生活费。终使留法学生情绪稳定，继续学习。
进入9月，德军迫进巴黎，法国政府迁往西南沿海城市波尔多。蔡元培，李石曾等人也于9月中旬举家避往法国西部乡间的谟觞村。
这是个人口不足千人的村庄，交通极不方便。大家都很沮丧，但蔡元培竟兴致勃勃地去考察附近的学校，和日本及我国的的同类学校相比较。足见无论何时，办学和教育在他心里有多重要。
半个月后，他们又迁至附近的一个小镇圣多耐，蔡元培一家人住在一家帽店楼上。房东是相依为命的母女，她们对素不相识的中国人的友好情义，一直驻留在蔡元培一家人的心底。不久，蔡元培等人又又移居法国南部城市都鲁尔，这时他们的生活才基本上安定下来。
在战乱和频繁的迁徙之中，蔡元培一直坚持编著工作，其重要著作《哲学大纲》，就是在这段时间完成的。
《哲学大纲》连同蔡元培的另一部著作《简易哲学纲要》，主要是依据李希脱尔、泡尔生、冯特、文德尔班等四位哲学大师的有关著作编写的，但其中也不乏他的学习体会和独立见解。
《哲学大纲》分通论、本体论、认识论、价值论四个部分。通论中阐述了哲学之定义、哲学与科学之关系、哲学与宗教、哲学之部类等问题。蔡元培认为“哲学为全体知识之学也，是学问中最高之一境”。哲学为一种“普遍之科学，哲学与科学互为因果，而又自有其领域。哲学分为系统之学与律贯之学，而系统之学又有论理学与认识论之分，律贯之学又有特别哲学与普通哲学之分”。
他指出哲学又可分为自然哲学与精神哲学。自然哲学包括宁宙论、生物学与人学，精神哲学则包括伦理学及法律哲学、美学、宗教哲学。认识论一编中，他着重论述了有关哲学“认识之概念、主观之认识、实现世界之认识、本体世界之认识、认识之程度”等几个问题。
蔡元培说：“哲学之认识同伦理之认识，对于真理或非真理所作正确之判断是也。认识分之为主观之认识、实现世界之认识、本体世界之认识，为其对象不同而性质亦有不同也。奉体论论述了何为本体论及世界之实在及性质几个问题。”