他对唯物论、实质唯识论、二元论一元论部分则分别作了说明。
关于世界“全体之实在及性质，则又举无神论、泛神论及有神论”三者予以阐明。
价值篇一编，他说“价值即意识悬一种之鹄的而欲有以达之。后则分道德、宗教思想、美学观念叙述之”。
关于哲学方面，蔡元培还有《怎样研究哲学》、《哲学要领》、《妖怪学讲义》等一系列的文章和著作。
他所以如此重视哲学问题，是因为在他看来，宋代以后，中国的哲学便趋于僵化了，到了清代，几乎无哲学思辨可言。这种学术状况，是导致近代中国全面落后的要因之一。欲救此弊，便应当大力学习西方先进的学术成果，创造中西合璧的新文化。因此，大力向国人介绍西洋的哲学就成为当务之急。
1915年春，日本向中国提出的“二十一条”披露于报端，留法学界闻悉群情激愤，汪精卫、李石曾、谭熙鸿等纷纷来到蔡元培的住处，共商对策。蔡元培依据大家议论的意见，草拟《华人御侮会会章》七条。
所拟条文倒是简明扼要，其主要内容为：
（一）、本会以凭籍己力（不倚赖政府，不倚赖军队）、济度同胞、排除外侮为宗旨。
（二）、本会会员应尽之普通责任：1、锻炼体魄；2、了解并自备适当之武器，如匕首、炸弹、手枪、毒物等；3、养成抑强扶弱之习惯；4、力持可杀不可辱之气节；5、见敌人侮我同胞者击之，事变如有株连，则挺身任之；6、不购敌人货物（书报及武器例外），7、不乘敌人船舶；8、不与敌人之银行交易，亦不用其钞票；9、不租屋给敌人；10、不售地产给敌人；11、不服役于敌人；12、华人有犯，竭力劝止之；13、有华人助敌而侮我同胞者，诛之。